One-leaf One-node 트리를 이용한 선택 스플라이싱 탐지 및 예측

박민서

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자료유형: 학술저널

저자정보: 박민서 (성균관대학교)

저널정보: 한국콘텐츠학회 한국콘텐츠학회논문지 한국콘텐츠학회논문지 제10권 제10호

발행연도: 2010.10

수록면: 102 - 110 (9page)

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선택 스플라이싱은 유전자 발현의 중요한 과정 중 하나이다. 선택 스플라이싱이 발생함에 따라, 돌연변가 발생하여, 질병을 일으킬 수 있다. 대부분의 선택 스플라이싱 연구는 EST(Expressed Sequence Tag)를 이용한다. 그러나, EST를 이용하여 선택 스플라싱을 예측하는 데는 몇 가지 단점이 있다. EST가 저장되어 있는 라이브러리가 잘 정돈되어 있지 않거나, 잘못 열거되어 있을 경우, 실험 시 EST를 잘못 선택할 수 있다. 또한, EST가 아직 발견되지 않은 유전 서열에서는 선택 스플라이싱을 찾을 방법이 없다. 이 논문에서는 이러한 EST 기반 연구의 약점을 개선하고, 선택 스플라이싱의 탐지 및 예측의 질을 높이기 위해서, pre-mRNA에서 One-leaf One-node Tree 알고리즘을 제안한다. 이 트리는 Arabidopsis thaliana의 각 염색체에 대해서 실험되었다. 실험 결과, 모든 염색체에서 codons에 따라 일반 스플라싱과 선택 스플라싱이 다른 패턴을 가지는 것으로 나타났다. 트리 알고리즘에서 도출된 패턴으로 부터, 아직 발견되지 않은 선택 스플라싱도 예측할 수 있다.

#선택 스플라이싱 #One-leaf One-node 트리 알고리즘 #pre-mRNA #Alternative Splicing #One-leaf One-node Tree Algorithm

참고문헌 (31)

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1. [학술지(정기간행물)] - T. Chuang / 2004 / A compareative method for identification of gene structures and alternatively spliced variant / Bioinformatics 20 : 3064 ~ 3079

2. [학술지(정기간행물)] - R. Sorek / 2004 / A Non-EST-Based Method for Exon-Skipping Prediction / Genome Research 14 : 1617 ~ 1623

3. [학술지(정기간행물)] - S. Stamm / 2006 / ASD:a bioinformatics resource on alternative splicing / Nucleic Acids Research 34 : 46 ~ 55

4. [인터넷자원] - / / http://www.ncbi.nlm.nih.gov.

5. [학술지(정기간행물)] - B. Haas / 2003 / Improving the Arabidopsis genome annotation using maximal transcript alignment assemblies / Nucleic Acids Research 31 : 5654 ~ 5666

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박민서

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