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저자정보
Gwang Hyeon Lee (Department of Applied Biotechnology The Graduate School of Hankyong National University) Hong-Sik Kong (Hankyong National University)
저널정보
한국동물유전육종학회 Journal of Animal Breeding and Genomics Journal of Animal Breeding and Genomics Vol.5 No.4
발행연도
2021.12
수록면
235 - 242 (8page)
DOI
10.12972/jabng.20210023

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This study collected basic information for improving the Hanwoo cattle in the Gyeonggi region. Linkage disequilibrium (LD) between single nucleotide polymorphisms (SNP) markers in autosomes was estimated by analyzing the Hanwoo raised in the Gyeonggi region using the Hanwoo SNP 50K BeadChip. The Hanwoo tail hair samples used in this study were collected from 827 Hanwoo cattle in the Gyeonggi region and were subjected to SNP Chip analysis. Furthermore, 52,195 SNPs were obtained from the analysis. Quality control was performed to remove unnecessary SNPs, and 41,605 SNPs were obtained. The total genome length was 2,500.01 Mb, with chromosome 25 (42.65 Mb) being the shortest and chromosome 1 (158.09 Mb) being the longest. The r2 value was 0.231 for the SNP distance between 0 and 50 Kb and was 0.065 for distance between 150 and 200 Kb. Thus, the closer the distance between the SNPs, the higher the r2 value. Genetic improvement has been conducted for approximately 100 years in Angus and Holstein breeds. However, for the Hanwoo, genetic improvement has been conducted for approximately 40 years (Jo et al., 2012). In addition, the selection intensity for Hanwoo genetic improvement is lower than that of other varieties. This study confirmed that Hanwoo in the Gyeonggi region had no significant difference in LD. However, it is necessary to test cow to prevent the occurrence of inbreeding and reduction in genetic diversity caused by a preference for specific KPN.
#Hanwoo #SNP chip #Linkage Disequilibrium #Gyeonggi

목차

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참고문헌 (33)

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Ardlie KG / 2002 / Patterns of linkage disequilibrium in the human genome / Nat. Rev. Genet 3:299~309 google schola Ben Jemaa S / 2015 / Genome-wide insights into population structure and genetic history of tunisian local cattle using the illumina bovinesnp50 beadchip / BMC Genomics 16:677 google schola Bovine HapMap C / 2009 / Genome-wide survey of SNP variation uncovers the genetic structure of cattle breeds / Science 324:528~532 google schola Chang CC / 2015 / Second-generation PLINK : rising to the challenge of larger and richer datasets / GigaScience 4(1) google schola 조충일 / 2012 / 한우에서 전장의 유전체 정보를 활용한 연관불평형 및 유효집단크기 추정에 관한 연구 / 생명과학회지 22(3):366~372 google schola

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