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학술저널
저자정보
Rosario Gilmary (Pondicherry Engineering College) Akila Venkatesan (Pondicherry Engineering College) Govindasamy Vaiyapuri (Pondicherry Engineering College)
저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers Journal of Computing Science and Engineering Journal of Computing Science and Engineering Vol.15 No.2
발행연도
2021.6
수록면
59 - 71 (13page)
DOI
10.5626/JCSE.2021.15.2.59

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Deoxyribonucleic acid (DNA) is the basic entity that carries genetic instructions. This information is used in the evolution, progression, and improvement of all species. It is estimated that 10 CD-ROMs are required to store the genomic data of an individual being. With the increase in DNA sequencing equipment, an extensive heap of genomic data is created. The increase in DNA data in public databases is surpassing the rate of growth in storage space, thereby raising a significant concern related to data storage, transmission, retrieval, and search. To reduce the data storage and storage expense, lossless compression procedures were applied. Conventional compression methods are not proficient while compressing the biological data. Hence, several unique and contemporary lossless compression mechanisms were used to achieve improved compression ratio in biological sequences. Here, we scrutinize the diverse existing compression procedures that are appropriate for the compression of DNA sequences. The efficiency of algorithms is compared in terms of compression ratio, the ratio of the capacity of the compressed folder, and compression/decompression time. Main challenges and future research directions in DNA compression are also presented. Emphasis has been given to special references related to contemporary techniques.
#DNA sequences #Lossless compression #Genomic sequence compression #Horizontal compression #Vertical compression

목차

Abstract
I. INTRODUCTION
II. PROPOSED CLASSIFICATION OF DNA COMPRESSION TECHNIQUES
III. CHALLENGES IN DNA COMPRESSION
IV. FINDINGS AND FUTURE SCOPE
V. CONCLUSION
REFERENCES

참고문헌 (57)

참고문헌 신청
L. Felician and A. Gentili, “A nearly optimal Huffman technique in the microcomputer environment,” Information Systems, vol. 12, no. 4, pp. 371-373, 1987. google schola M. Nelson and J. L. Gailly, The Data Compression Book, 2nd ed. New York, NY: M&T Books, 1995. google schola A. Apostolico and A. Fraenkel, “Robust transmission of unbounded strings using Fibonacci representations,” IEEE Transactions on Information Theory, vol. 33, no. 2, pp. 238-245, 1987. google schola J. B. Connell, “A Huffman-Shannon-Fano code,” Proceedings of the IEEE, vol. 61, no. 7, pp. 1046-1047, 1973. google schola J. L. Bentley, D. D. Sleator, R. E. Tarjan, and V. K. Wei, “A locally adaptive data compression scheme,” Communications of the ACM, vol. 29, no. 4, pp. 320-330, 1986. google schola

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